Nájera ocupa el punto central en el tramo riojano del Camino de Santiago, a 26 km de Logroño, 16 de Santo Domingo de la Calzada y 25 de Haro.
Situada a 489 m sobre el nivel del mar, está atravesada por el río y resguardada por el pico de Nájera y los cerros Malpica, Cerro de la Horca, Mal vecino, la Atalaya y Castillo, con alturas que no superan los 666 metros y que se proyectan sobre una rica vega que sirve de entrada a uno de los parajes más agrestes y mejor conservados, medioambientalmente, de La Rioja: la cuenca del Najerilla.
Por su situación tiene un clima muy agradable, con inviernos suaves y veranos frescos.